Next-Generation-Sequencing

Next Generation-Sequencing basiert auf dem Sequence by Synthesis (SBS) Prinzip. Nach diesem Prinzip werden kurze Moleküle auf einen festen Träger synthetisiert und sequenziert. Das Fraunhofer IZI-BB ist mit einem Illumina MiSeq ausgestattet, welcher pro Lauf bis zu 25 Millionen reads fahren kann. Diese Technologie ist sehr flexibel in ihren Anwendungsfeldern. Das Probenspektrum umfasst dabei folgende Substanzen.

  • DNA
  • cDNA
  • mRNA
  • Total RNA
  • Micro RNA
  • 16 rRNA
  • Verschiedene Nukleinsäurespezies

Anwendungsfelder

  • Gesamtgenomsequenzierung von Bakterien/Viren
  • Metagenom Analysen via 16S rRNA, z.B. zur Typisierung oder Diagnostik
  • Transkriptomanalysen, z.B. für Drug Screening,  Therapeutische Anwendungen, Umwelteinflüsse, etc. 
  • Exomanalysen
  • Analysen des Microbioms für Landwirtschaft, Umwelt, Medizin
  • Zielgerichtete Sequenzierung von Gen Panels, z.B. für die Krebsforschung, Biomarker, Autoimmunerkrankungen, genetisch bedingte Krankheiten, Forensik, etc. 
  • Umweltanalytik z.B. aus exotischen Quellen 
  • Kontrolle von Reinheit, z.B. in der Lebensmittelindustrie (Fleisch o.ä.) oder in anderen Bereichen (Tropenhölzer)
  • Kontrolle von Eigenschaften bzw. Abstammung, z.B. für die Züchtung von Pferden, Falken, Hunden, etc.

Expressions-Analysen#

Genexpression

Erhalten Sie einen detaillierten Überblick über die Expression von für Sie relevanten Genen. Die gezielte Sequenzierung von RNA ermöglicht quantitative und qualitative Aussagen über Hunderte spezifisch gewählter Transkripte. Hierbei können mehrere Proben parallel in einem einzigen Sequenzierungslauf analysiert werden. Besonders in den Bereichen der Neurowissenschaften, der Immunologie und der Krebsforschung kann die Auskunft über die Genexpression einen entscheidenden Beitrag zur Entwicklung neuer Erkenntnisse führen.

  • Laufende Projekte: Expression of clock genes

 

miRNA- und small RNA-Expression

Erlangen Sie einen detaillierten Überblick über die Expression von kleinen nicht-codierenden RNAs. Die Sequenzierung von small RNAs ist eine Methode zur Isolierung und Sequenzierung kleiner RNA-Spezies, wie z.B. miRNAs, die bei Gen-Stilllegung und der post-transkriptioneller Regulierung der Genexpression wirken. Hierbei können mehrere Proben parallel in einem einzigen Sequenzierungslauf analysiert werden. Die Analyse kleiner RNA-Spezies kann vor allem in der Krebsforschung, bei der Identifizierung von Biomarkern und zur Untersuchung post-transkriptioneller Regulierung mögliche Fragestellungen beantworten.

  • Laufende Projekte: miRNA-profiling of polyneuropathy patients

Sequenzierung kleiner Genome#

Sequenzierung ganzer Genome

Gewinnen Sie einen detaillierten Einblick in die genomische Kartierung kleiner Organismen. Die Sequenzierung kleiner Genome (≤ 5 Mb) ermöglicht die Untersuchung aller Gene von Bakterien, Viren oder anderer Mikroben aus Einzelkulturen. Die Sequenzierung kleiner mikrobieller Genome kann besonders für die Überwachung von Infektionskrankheiten, molekulare Epidemiologie-Studien und gesundheitsbezogene Lebensmitteltests von Interesse sein.

 

Gen-spezifische Sequenzierung

Verschaffen Sie sich einen detaillierten Überblick über die für Sie relevanten Gene. Die Amplikon-basierte Sequenzierung ist eine selektive Methode, die es ermöglicht, genetische Variation spezifischer Gene oder spezifischer Genomregionen zu analysieren. Hierbei können mehrere Proben parallel in einem einzigen Sequenzierungslauf analysiert werden. Die Gen-spezifische Sequenzierung ist vor allem für Fragestellungen aus der Krebsforschung, der Immunologie und der Forschung genetisch-bedingter Krankheiten interessant, jedoch auch für die Sequenzierung von Pflanzen und Tieren.